Я подозреваю, что неправильно сформированный HTML исправлен Chrome / Firefox для вас, но не исправлен правильно в Safari. Вы должны проверить div в отладчике в каждом браузере и посмотреть, что каждый DOM дает вам, чтобы быть уверенным.
У вас есть:
<div>
<input type="checkbox" name="xyz" id="xyz">
<label for="xyz">
<input type="number" name="qty" id="qty">This is my label for xyz checkbox, Click on Qty should not enable/disable the checkbox
</label>
</div>
Вместо этого вы можете сделать это с тем же намерением:
<div>
<input type="checkbox" name="xyz" id="xyz">
<label for="xyz">
This is my label for xyz checkbox
<input type="number" name="qty" id="qty"/>
</label>
</div>