Проблема в том, этот сайт очень медленный, загрузка в среднем занимает 30 секунд (это можно увидеть, загрузив в браузере). Таким образом, вы должны поставить тайм-аут около 50 секунд.
Это должно решить вашу проблему ...
Document doc = Jsoup.connect("http://nomads.ncep.noaa.gov/pub/data/nccf/com/hrrr/prod/hrrr.20180904/conus/")
.userAgent("Mozilla/5.0 (X11; Ubuntu; Linux x86_64; rv:61.0) Gecko/20100101 Firefox/61.0")
.header("Accept", "text/html,application/xhtml+xml,application/xml;q=0.9,*/*;q=0.8")
.header("Host", "nomads.ncep.noaa.gov")
.timeout(50000)
.get();