Я не уверен в синтаксисе командной строки для этого, но это регулярное выражение должно сделать это:
// Find:
/>[\n\s]+</
// Replace with:
><
Это позволит удалить только пробелы между элементами (но не внутри них, если только это не раздел CDATA), но вы можете случайно удалить некоторые пробелы, которые вам действительно нужны, например:
<p>here's <i>something</i> <b>interesting</b></p>
// becomes:
<p>here's <i>something</i><b>interesting</b></p>
Вот пример проблемы с CDATA, которую я упомянул:
<element><![CDATA[
this shouldn't <blah>
<blah> be touched.
]]></element>
// becomes:
<element><![CDATA[
this shouldn't <blah><blah> be touched.
]]></element>
Конечно, «правильный» ответ - использовать синтаксический анализатор для чтения файла, а затем снова вывести его с удаленными пробелами и отступами.