Эта проблема не имеет ничего общего с Qt. Вы установили PATH, используя сценарии инициализации оболочки и т. Д., В своей собственной папке пользователя. Для графической оболочки было бы ужасно плохой идеей использовать этот путь, поскольку ошибка в вашем профиле оболочки может привести к тому, что весь рабочий стол станет неработоспособным. Конечно, это работает из командной строки, поскольку ваши профили оболочки вступают в силу.
В качестве опции конфигурации пользователя вы можете извлечь PATH оболочки, запустив эквивалент $SHELL -c 'echo $PATH' пользователя и обработав результат.
В противном случае вам придется отложить то, что принято на платформе, и при необходимости проконсультироваться с менеджерами пакетов. Различные системы пакетов, как правило, устанавливают эти инструменты в разные каталоги, но есть только несколько общих. Я предполагаю, что этого будет достаточно, чтобы охватить Ubuntu, RedHat, macports и homebrew, а также убедиться, что вы также отметили «чистые» местоположения FHS (Стандарт иерархии файловых систем).