removeAllProperties () работает. Ошибка, которую я сделал, состояла в том, что она должна вызываться со ссылкой на панель свойств. Мы только что использовали его без ссылки на панель свойств.
т.е. что сработало для меня ...
_panel.removeAllProperties()
потому что _panel был ранее определен
Autodesk.ADN.Viewing.Extension.MetaPropertyPanel = function (viewer) {
var _panel = this;
При этом были удалены все свойства для выбранного элемента, и появилась прозрачная панель свойств для отображения наших пользовательских данных.
Ура!