Да, документ оценивается дважды и, следовательно, сообщение. Одна возможность решить эту проблему - полностью заменить iframe. Например, создайте оболочку DIV:
<div id=iframe_wrapper></div>
И заполните свой iframe, когда он будет обновлен:
document.getElementById("iframe_wrapper").innerHTML = "<iframe ..."
// find the iframe and insert content