Вы говорите, что у вас есть график, но затем показываете матрицу смежности, поэтому не совсем понятно, с чего вы начинаете. Я расскажу о двух возможностях.
1. У вас есть график, и вы использовали его для записи матрицы смежности.
В этом случае задайте имена узлов, назначив вершинам атрибут label
library(igraph)
AM = matrix(c(0,1,0,1,0,1,1,0,0,1,0,1,0,0,1,0), ncol=4)
G1 = graph_from_adjacency_matrix(AM)
par(mfrow=c(1,2))
plot(G1, vertex.size=20, main="Original")
## This will change the node names
V(G1)$label = LETTERS[1:4]
plot(G1, vertex.size=20, main="With Labels")
2. У вас просто есть матрица смежности, и вы еще не сделали график
В этом случае я мог бы скорее поставить имена узлов первыми.
AM = matrix(c(0,1,0,1,0,1,1,0,0,1,0,1,0,0,1,0), ncol=4)
colnames(AM) = LETTERS[1:4]
rownames(AM) = LETTERS[1:4]
G2 = graph_from_adjacency_matrix(AM)
plot(G2, vertex.size=20)