R: установить пакет uroot в Ubuntu

Question

Я пытаюсь установить пакет прогноза, который зависит от uroot, который, по-видимому, был написан для использования графического процессора?

install.packages("uroot") выдает следующую ошибку. Кто-нибудь нашел эту проблему и может предложить обойти? Я использую Ubuntu 16.04.

У меня есть файл, который находится здесь: /usr/local/cuda-8.0/, и я добавил к своему пути экспорт PATH = / usr / local / cuda-8.0 /: $ PATH

Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) : 
  unable to load shared object '/home/rstudio2/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2/uroot/libs/uroot.so':
  libcudart.so.8.0: cannot open shared object file: No such file or directory
Error: loading failed
Execution halted
ERROR: loading failed
* removing ‘/home/rstudio2/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2/uroot’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘uroot’ had non-zero exit status

Answer 1

На всякий случай, если это кому-то пригодится, я столкнулся с той же проблемой, пытаясь установить «imputeTS» с версией 3.5.1 R на Fedora 27 с правильно установленной CUDA 10.0, установленной в PATH.

для меня просто так получилось, что я запускал install.package("imputeTS") (который зависит от forecast) в консоли R от имени root, установка пакетов в домашнюю систему пользователя решила проблему. Кажется, что библиотеки ищутся в разных местах в соответствии с пользователем, запустившим скрипт, важно отметить, что.

Answer 2

Вы можете попробовать изменить файл "/etc/rstudio/rserver.conf", добавить env "LD_LIBRARY_PATH", например:

rsession-ld-library-path=/usr/local/cuda/lib64 

На самом деле, когда вы открываете сессию "RStudio Server" из браузера, сессия не получает env от ".bashrc".

Answer 3

Я только что перешел на Linux. При установке Ubuntu 18.04 использование install.packages с зависимостями, установленными в TRUE, прошло успешно без нареканий. (Нет графического процессора на mu box.)

install.packages("forecast", dep=TRUE)
# there are quite a few dependencies and you happened to be missing one

packageDescription()
#-----------includes this line----------
Imports: colorspace, fracdiff, ggplot2 (>= 2.2.1), graphics, lmtest,
          magrittr, nnet, parallel, Rcpp (>= 0.11.0), stats,
             timeDate, tseries, urca, uroot, zoo