Вы можете использовать preg_replace, это будет выглядеть примерно так
$str = '<tables><tr><td>bla</td><td> </td></tr></table>';
$str = preg_replace('/<td>\\s+<\/td>/', '', $str);
Но имейте в виду, что если вы удалите весь пустой тд, вам нужно управлять colspawn'ом, поэтому я бы предпочел что-то подобное
$str = '<tables><tr><td>bla</td><td> </td></tr></table>';
$str = preg_replace('/<td>\\s+<\/td>/', '<td></td>', $str);