Кажется, что это нормально, если вы инициализируете swiper позже. Можете ли вы бросить его в документ, готовый так:
$(document).ready(function(){ var swiper = new Swiper('.swiper-container', {
slidesPerView: 'auto', centeredSlides: true, spaceBetween: 3, delay: 2500, speed: 1000, navigation: { nextEl: '.swiper-button-next', prevEl: '.swiper-button-prev', }, });
});