Для меня ваше решение работает:
df = df.drop(np.nan, axis=1)
Другое решение - удалить с помощью логической маски:
df = pd.DataFrame({'A':list('abcdef'),
'B':[4,5,4,5,5,4],
np.nan:[7,8,9,4,2,3],
'D':[1,3,5,7,1,0],
'E':[5,3,6,9,2,4],
'F':list('aaabbb')})
df = df.loc[:, pd.notnull(df.columns)]
print (df)
A B D E F
0 a 4 1 5 a
1 b 5 3 3 a
2 c 4 5 6 a
3 d 5 7 9 b
4 e 5 1 2 b
5 f 4 0 4 b
Деталь
print (pd.notnull(df.columns))
[ True True False True True True]