Cloud Shell не зависит от App Engine, в нем нет ваших файлов App Engine.
Если вы хотите что-то изменить в своем проекте, вам придется сделать это со своего компьютера (или каким-либо образом скопировать код в Cloud Shell, например сначала загрузить в Cloud Storage и загрузить обратно в Cloud Shell)