Мне нужно восстановить определенный набор в 3-м. Какой подход?
Сделайте это, восстановите определенный набор коллекций.
mongorestore -d UQDBclone_201807050429 -c coll_1
mongorestore -d UQDBclone_201807050429 -c coll_2
mongorestore -d UQDBclone_201807050429 -c coll_3
Вы можете написать скрипт для автоматизации этого.