Может ли условное определение типа $(Config) использоваться в директивах компилятора?
Простой ответ: нет, он не может.
Если бы я пытался скомпилировать и связать ресурс условно, я бы сделал это с помощью внешнего сценария сборки, вызванного из действия перед сборкой.