Вы должны передать время при текущих звонках:
setTimeout(function () {
fadeIn(e, time); // <<<
}, time)
Теперь это интервал времени для увеличения непрозрачности на 1/100, так что вы также можете разделить время:
Element.prototype.fadeIn = function (time) {
fadeIn(this,time / 100);
};
Так что теперь
el.fadeIn(1000);
потребуется одна секунда, чтобы исчезнуть.