Вы выбираете анонимный тип с двумя свойствами XElement. Если под «получить XML из DataContext» вы подразумеваете, что хотите построить действительную иерархию XElement, вам нужно выбрать два отдельных элемента XElement.
Попробуйте использовать оператор Union для выбора нескольких объектов вместо выбора анонимного типа с двумя свойствами.
DataClasses1DataContext dc = new DataClasses1DataContext();
var query=new XElement("Numbers",
(from p in dc.Pack
select new XElement("Number",p.PK)
).Union(from p in dc.Pack
select new XElement("Value", p2Value))
);