Загрузка NetLogo без головы с ошибкой кластера Rscript в Linux - PullRequest
0 голосов
/ 05 июля 2018

Я использую Netlogo в системном кластере Linux (большой компьютер) и использую старую версию Netlogo-5.2.0 с версией R 3.5 и ее RPackages (RNetLogo-1.0-1 и rJava, которые совместимы с Netlogo -5.2.0). Когда я использую команду

NLStart(nl.path, gui=F, nl.obj=my.netlogo1) #Creates an instance of NetLogo    

Тогда это дает мне эту ошибку:

Warning message: In `[<-`(`*tmp*`, nl.obj, value = nlo)

также, когда я начинаю загружать модель

NLLoadModel(model.path, nl.obj=my.netlogo1)

это дает мне эту ошибку:

Exception in thread "JobThread" java.lang.LinkageError: loader (instance of  sun/misc/Launcher$AppClassLoader): attempted  duplicate class definition for name: "scala/Function0$mcV$sp"
at java.lang.ClassLoader.defineClass1(Native Method)
at java.lang.ClassLoader.defineClass(ClassLoader.java:800)
at java.security.SecureClassLoader.defineClass(SecureClassLoader.java:142)
at java.net.URLClassLoader.defineClass(URLClassLoader.java:449)
at java.net.URLClassLoader.access$100(URLClassLoader.java:71)
at java.net.URLClassLoader$1.run(URLClassLoader.java:361)
at java.net.URLClassLoader$1.run(URLClassLoader.java:355)
at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method)
at java.net.URLClassLoader.findClass(URLClassLoader.java:354)
at java.lang.ClassLoader.loadClass(ClassLoader.java:425)
at sun.misc.Launcher$AppClassLoader.loadClass(Launcher.java:308)
at java.lang.ClassLoader.loadClass(ClassLoader.java:358)
at java.lang.ClassLoader.defineClass1(Native Method)
at java.lang.ClassLoader.defineClass(ClassLoader.java:800)
at java.security.SecureClassLoader.defineClass(SecureClassLoader.java:142)
at java.net.URLClassLoader.defineClass(URLClassLoader.java:449)
at java.net.URLClassLoader.access$100(URLClassLoader.java:71)
at java.net.URLClassLoader$1.run(URLClassLoader.java:361)
at java.net.URLClassLoader$1.run(URLClassLoader.java:355)
at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method)
at java.net.URLClassLoader.findClass(URLClassLoader.java:354)
at java.lang.ClassLoader.loadClass(ClassLoader.java:425)
at sun.misc.Launcher$AppClassLoader.loadClass(Launcher.java:308)
at java.lang.ClassLoader.loadClass(ClassLoader.java:358)
at java.lang.ClassLoader.defineClass1(Native Method)
at java.lang.ClassLoader.defineClass(ClassLoader.java:800)
at java.security.SecureClassLoader.defineClass(SecureClassLoader.java:142)
at java.net.URLClassLoader.defineClass(URLClassLoader.java:449)
at java.net.URLClassLoader.access$100(URLClassLoader.java:71)
at java.net.URLClassLoader$1.run(URLClassLoader.java:361)
at java.net.URLClassLoader$1.run(URLClassLoader.java:355)
at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method)
at java.net.URLClassLoader.findClass(URLClassLoader.java:354)
at java.lang.ClassLoader.loadClass(ClassLoader.java:425)
at sun.misc.Launcher$AppClassLoader.loadClass(Launcher.java:308)
at java.lang.ClassLoader.loadClass(ClassLoader.java:358)
at org.nlogo.job.JobThread.run(JobThread.scala:76)
Exception in thread "JobThread" java.lang.LinkageError: org/nlogo   
/job/JobThread$$anonfun$run$1
at org.nlogo.job.JobThread.run(JobThread.scala:76)
[1] "Java-Object{java.lang.OutOfMemoryError: PermGen space}"
Error in NLLoadModel(model.path, nl.obj = my.netlogo1) : 
Execution halted

У кого-нибудь есть идеи, что это за проблема и как ее решить? Спасибо

...