Скрытый флаг - это вещь файловой системы Windows. S3 не является файловой системой Windows, поэтому при загрузке файла в S3 он не может сохранить этот специфичный для Windows флаг. Я думаю, что вам придется написать некоторый пользовательский код для установки дополнительных, пользовательских метаданных на объекты S3, если они были помечены как скрытые в Windows, и пользовательский код загрузки, чтобы проверить эти метаданные и пометить файлы как скрытые, если они загружаются в компьютер под управлением Windows.
Там могут быть некоторые специальные приложения S3 для Windows, которые справятся с этим Какой инструмент вы сейчас используете для загрузки на S3?