R - Никаких пиков не появляется в моей спальне сюжет суши

Question

Я использовал следующий код: `Библиотека ( 'Суши')

# Import dataset to R
chrom = "chr3"
chromstart = 189349216
chromend = 189615068
# Plot bedgragh 
plotBedgraph(Test_bedgraph,chrom,chromstart,chromend,colorbycol= 
SushiColors(5))
# Label genome 
labelgenome(chrom,chromstart,chromend,n=4,scale="Mb")
# Label y axis
mtext("Read depth",side=2,line=3,cex=1,font=2)
axis(side=2,las=2,tcl=.2)`

для построения графика данных CHIP-seq из UCSC, но пики не отображаются. Чтобы исключить тип используемых данных (широкополосный, узкопиковый) и, если он специфичен для региона, на который я смотрю, я импортировал другие пиковые данные в другие регионы, и он все равно не отображает пиков. Пример ниже моего исходного региона (без пиков):

Код l, использованный выше, взят прямо из документации к пакету 'Суши'. Как я могу это исправить, чтобы я мог строить такие графики (с пиками):

Answer 1

У меня была такая же проблема, и я решил ее следующим образом:

Убедитесь, что R / RStudio

может прочитать файл с вашим постом

A <- read.delim ("Test.begraph") головка (A) </p>

Вывод должен выглядеть следующим образом (в форме матрицы!) И будет зависеть от вашей кровати, т. Е. Для chr3)

chrom chromstart chromend значение 1 chr12 3025780 3025963 0,5 2 chr12 3098218 3098548 0,5 3 chr12 3188951 3189233 0,5 4 chr12 3209257 3209490 0,5 5 chr12 3210230 3210483 0,5 6 chr12 3235648 3235987 0,5

Затем попробуйте следующий код:

plotBedgraph (A, хром, chromstart, chromend, прозрачность = +0,50, флип = FALSE, цвет = "синий", linecol = "синий")

"flip = FALSE" - это то, что я всегда использую, так как я строю файлы графа для двух ДНК-связывающих белков на одном графике! Это было бы необязательно, но если вы решите построить данные ChIPseq для двух факторов на одном и том же графике для сравнения, вам понадобится это и измените масштаб второго графика, чтобы он соответствовал первому. Код пересчета показан в ссылке ниже в разделе «Использование»: https://rdrr.io/bioc/Sushi/src/R/plotBedgraph.R

Надеюсь, это поможет!