Ваши переменные среды могут быть не установлены.
Сначала вам нужно установить соответствующие переменные окружения, а затем выполнить ваш скрипт.
попробовать
#!/bin/bash
. /home/andres/.bash_profile #<-- this part need to address your bash_profile.
cd /home/andres/BD/Perdida
fecha=$(date +%Y-%m-%d' '%H:%M);
mysql --defaults-file=/etc/my.cnf.d/conexion.cnf -D QoS -e "SELECT * FROM Throughput_TX" > /home/andres/BD/Scripts/$fecha.xlsx
в качестве альтернативы вы указываете полный путь к mysql.
whereis mysql
получить путь и добавить в-перед /<full-path>/mysql --defaults-file=...
Редактировать: ваш cron имеет синтаксическую ошибку
* * * * * /bin/bash -lc /home/andres/BD/Scripts/ Throughputprueba.sh > /dev/null
до
* * * * * /bin/bash -lc /home/andres/BD/Scripts/Throughputprueba.sh > /dev/null