Поскольку cloud-init - это всего лишь одно использование пользовательских данных (и оно появилось после EC2).
Рассмотрим вместо этого предварительно созданный AMI, который уже настроен для запуска службы. Эта служба должна быть настроена каким-либо образом, и пользовательские данные - отличный способ сделать это (особенно до появления AWS Systems Manager). Например, вы можете сохранить список параметров переменных в пользовательских данных, а затем сделать так, чтобы сервис считал их в своей среде.
Используя конфигурацию таким образом, очень приятно иметь возможность изменять пользовательские данные и перезапускать службу для получения изменений.