Если ваше автономное приложение делает какие-либо HTTP-запросы, то да, вы можете использовать JMeter для проверки производительности. Вы можете узнать HTTP-запросы, которые делает ваше приложение, и добавить их в HTTP Request Sampler в Jmeter Test Plan, а также добавить необходимые данные к нему, а затем вы можете сгенерировать нагрузку для этого.