Я обычно рекомендую против быстрой и грязной, но здесь:
Вы можете записать данные в файл, если он может быть асинхронным. Затем задание cron из java, регулярно проверяющее наличие файлов такого типа, выполняет указанную команду.
Например, вы можете сбросить слово ExecuteCmd1 в файл. Поток Java читает его, интерпретирует и выбирает, что он должен выполнить метод или класс с тем же именем.
Вы можете сделать то же самое, чтобы вернуться к php.