У меня была та же проблема, и я сделал печать в setup.py, чтобы увидеть пути:
C: \ Users \ G \ MobSF \ Tools \ Microsoft.CodeAnalysis.BinSkim.1.5.0-beta \ tools \ net461 \ win-x64 \ BinSkim.exe C: \ Users \ G \ MobSF \ Tools \ Microsoft.CodeAnalysis.BinSkim .1.5.0-beta \ tools \ net461 \ win-x64 \ BinSkim.exe.config C: \ Users \ G \ MobSF \ Tools \ Microsoft.CodeAnalysis.BinSkim.1.5.0-beta \ tools \ net461 \ win-x86 \ BinSkim.exe C: \ Users \ G \ MobSF \ Tools \ Microsoft.CodeAnalysis.BinSkim.1.5.0-beta \ tools \ net461 \ win-x86 \ BinSkim.exe.config C: \ Users \ G \ MobSF \ Tools \ Microsoft.CodeAnalysis.BinSkim.1.5.0-beta \ tools \ netcoreapp2.0 \ win-x64 \ BinSkim.exe C: \ Users \ G \ MobSF \ Tools \ Microsoft.CodeAnalysis.BinSkim.1.5.0-beta \ tools \ netcoreapp2.0 \ беспроигрышная x86 \ BinSkim.exe
Я удалил C: \ Users \ G \ MobSF \ Tools \ Microsoft.CodeAnalysis.BinSkim.1.5.0-beta \ tools \ net461 и все заработало.