Конец строк может быть как CR / LF, т.е. # 13 # 10 (соглашение Dos / Windows) или просто LF - # 10 (соглашение Unix)
Убедитесь, что любое вхождение первого преобразовано во второе:
UPDATE TABLE
SET field = REPLACE( field, CONCAT(CHAR(13),CHAR(10)), CHAR(10) )
На всякий случай вы также можете сделать:
UPDATE TABLE
SET field = REPLACE( field, CHAR(13), CHAR(10) )
Теперь любой символ "Конец строки" будет # 10 (перевод строки)
Если вы хотите, вы можете сделать что-то вроде:
UPDATE TABLE
SET field = REPLACE( field, CHAR(10), '[LF]' )