понимание того, что нужно делать со всеми списками способ:
lst=["1,2,3", " , , ", "4,5,6"]
res = [int(x) if x!=' ' else x for y in lst for x in y.split(',')]
print(res) # [1, 2, 3, ' ', ' ', ' ', 4, 5, 6]
old-school , петлевым способом:
lst=["1,2,3", " , , ", "4,5,6"]
res = []
for item in lst:
if item[0].isdigit():
res.extend(map(int, item.split(',')))
else:
res.extend(item.split(','))
print(res) # [1, 2, 3, ' ', ' ', ' ', 4, 5, 6]
Я бы пошел со вторым для его ясности. Можно сразу сказать, что он делает, посмотрев на него. При этом, и вы, отредактировав свои требования, первый не выглядит настолько запутанным.