Ошибка nlmer: Ошибка в initializePtr (): пониженное VtV не является положительно определенным

Question

Я повторил данные измерений, изучая лес Biomass в лесу Age для нескольких Plots:

Другими словами: Biomass ~ Age | Plot

#Reproducible Example data:

biom.dat <- c(unlist(lapply(1:7, function(x){ set.seed(x) ; sort(sample(2:500,15))})),
  unlist(lapply(8:15, function(x){ set.seed(x) ;  c(sort(sample(2:500,12)),(sample(90:500,3)))})))
dat <- data.frame(Plot = rep(1:5,each = 15), Age = rep(c((1:75)[(1:5)%%5 == 0])+8,5), Biomass = biom.dat)

> head(dat)
  Plot Age Biomass
1    1  13      32
2    1  18      88
3    1  23     101
4    1  28     102
5    1  33     134
6    1  38     187

Я пытался использовать nlmer для изучения нелинейного тренда в этих данных. Я использую nlmer, поэтому я включаю структуру Plot в качестве случайного эффекта.

Я пытаюсь запустить расширение модели здесь , которая использует эту пользовательскую функцию:

который я кодировал в R как:

function(Age,C,Ao,s,wd,ph) C + Ao * exp(-s*Age) * cos(wd*Age + ph)

Однако, когда я запускаю код nlmer (см. Ниже), я получаю следующую ошибку :

Error in initializePtr() : Downdated VtV is not positive definite

Это обсуждение подсказало мне, что у меня может быть проблема с масштабированием? (на что намекали здесь ).

Итак, я попытался масштабировать переменные (1-й - просто Age предиктор, но затем и Biomass). Даже после масштабирования обеих переменных я получаю ту же ошибку ...

Вопросы:

1. Что еще может пойти не так? (Что еще я должен проверить?)

2. Куда мне идти отсюда?

---

Мой код:

Обновление: Основываясь на удаленных @ 42 комментариях, я изменил код (первоначально вдохновленный здесь ), чтобы более точно соответствовать коду из справки nlmer страница (пример № 3): [Note: the errors still occur]

  #Create equation:
    LTI.eqn <- ~ C + Ao * exp(-s*Age) * cos(wd * Age + ph)

  #Build function (incorporating a "gradient" attribute in the formula using deriv():
    LTI.func <- deriv(LTI.eqn, namevec = c('C', 'Ao', 's', 'wd', 'ph'),
                  function.arg = c('Age', 'C', 'Ao', 's', 'wd', 'ph'))

  #Load package:  
    library(lme4)

  #Create named vector of starting values for my constants:
    nlmer.start <- c(C = 0,Ao = -1,s = 1,wd = 1,ph = 0)

  #Run model:
    nlmer(Biomass ~ LTI.func(Age, C, Ao, s, wd, ph) ~ (Age | Plot), 
          data = dat, start=nlmer.start)

     #Error in initializePtr() : Downdated VtV is not positive definite

  #So let's rescale the continuous predictor variables (in this case we'll center Age):
    nlmer(Biomass ~ LTI.func(Age, C, Ao, s, wd, ph) ~ (Age | Plot), 
          data = transform(dat,Age = Age - 51), start = nlmer.start)

     #Error in initializePtr() : Downdated VtV is not positive definite

  #Still a problem. What if I scale Biomass, too???
    datt <- transform(dat,Age = (Age - 51), Biomass = scale(Biomass, center = F))
    nlmer(Biomass ~ LTI.func(Age, C, Ao, s, wd, ph) ~ (Age | Plot),
          data = datt, start = nlmer.start)

     #Error in initializePtr() : Downdated VtV is not positive definite