Только что нашел способ обновить нужные теги.
RegistryManager registryManager = RegistryManager.CreateFromConnectionString(connectionString);
var twin = await registryManager.GetTwinAsync(device.Id);
var patch = "{ \"properties\": { \"desired\": { \"configVersion\" : 3.1 } } }"; //json string
await registryManager.UpdateTwinAsync(device.Id, tags, twin.ETag);