По сути, вы можете создавать и администрировать свою библиотеку документов (или библиотеки) через стандартные страницы SharePoint, но вы создаете свой собственный сайт ASP.NET для пользователей, которые будут получать доступ к информации в библиотеке документов. Этот сайт будет использовать либо объектную модель SharePoint, либо веб-службы SharePoint для извлечения, обработки и хранения документов в ваших библиотеках документов.
Как правило, правило заключается в том, что если вы развертываете свой сайт ASP.NET на том же сервере, что и экземпляр SharePoint, то используйте объектную модель; если вы развертываете на отдельном веб-сервере, используйте веб-службы.
Некоторые распространенные проблемы разработки SharePoint и способы их устранения можно найти здесь:
http://msdn.microsoft.com/en-us/library/bb687949.aspx
Раздел «Работа с папками и списками» будет иметь особое отношение к тому, что вы делаете.