Исходя из вопроса, вы все равно хотите установить галочки вручную, поэтому вам просто нужно отформатировать метки,
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
cm = np.sort(np.random.rand(64)).reshape((8,8))
tick_marks=np.arange(8)
plt.imshow(cm)
x_sum = cm.sum(axis=0)*100
y_sum = cm.sum(axis=1)*100
fmt = lambda x: "{:.2f}%".format(x)
plt.xticks(tick_marks, [fmt(i) for i in x_sum], rotation=90)
plt.yticks(tick_marks, [fmt(i) for i in y_sum])
plt.tight_layout()
plt.show()

Для автоматической маркировки в процентах matplotlib.ticker.PercentFormatter
имеет смысл:
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
from matplotlib.ticker import PercentFormatter
cm = np.sort(np.random.rand(64)).reshape((8,8))
plt.imshow(cm, extent=(0,80,0,80))
plt.gca().xaxis.set_major_formatter(PercentFormatter(decimals=2))
plt.gca().yaxis.set_major_formatter(PercentFormatter(decimals=2))
plt.gca().tick_params(axis="x",rotation=90)
plt.tight_layout()
plt.show()
