Вы можете использовать (ложную) функцию агрегирования и группировать по
SELECT package_stats.developer
,xf_user.username
,xf_user.email
,xf_user_profile.homepage
,xf_user_profile.location
,xf_user_profile.about
,min(CASE WHEN field_id ='Github' THEN field_value END) AS Github
,min(CASE WHEN field_id ='Repository' THEN field_value END) AS Repository
,min(CASE WHEN field_id ='twitter' THEN field_value END ) AS Twitter
FROM package_stats
INNER JOIN xf_user ON xf_user.username = package_stats.developer
INNER JOIN xf_user_profile ON xf_user_profile.user_id = xf_user.user_id
INNER JOIN xf_user_field_value v1 ON xf_user_field_value.user_id = xf_user.user_id
WHERE xf_user_field_value.field_value <> ''
GROUP BY package_stats.developer
,xf_user.username
,xf_user.email
,xf_user_profile.homepage
,xf_user_profile.location
,xf_user_profile.about
и не использовать имплицитные объединения не понятны ..
имплицитное соединение - это синтаксический аркаик