Я бы использовал класс преобразователя для преобразования содержимого DOM в XML-файл, что-то вроде ниже:
Document doc =...
// write the content into xml file
DOMSource source = new DOMSource(doc);
FileWriter writer = new FileWriter(new File("/tmp/output.xml"));
StreamResult result = new StreamResult(writer);
TransformerFactory transformerFactory = TransformerFactory.newInstance();
Transformer transformer = transformerFactory.newTransformer();
transformer.transform(source, result);
Надеюсь, это сработает для вас!