Настройка autoClose не будет работать в этом случае. Если вы проверите источник popover, вы обнаружите логику отклонения popover, которая заключается в проверке, содержит ли элемент окна popover цель события, которая является селектором из typeahead. Что касается ng-bootstrap online doc , в нем говорится, что container:
A selector specifying the element the tooltip should be appended to. Currently only supports "body".
. Поскольку тело не является элементом внутри элемента всплывающего окна, оно будет восприниматься как внешний щелчок.