Вопрос: как мне выполнить эти слияния между ветвями с разницей в структуре имен папок?
Вы переименовываете каталоги в соответствие, фиксируете, а затем объединяете.
Это не жизнеспособный рабочий процесс и неэффективное использование ветвей.
Поскольку ветки уже разделяют ваши dev, test и предположительно рабочие версии, нет необходимости менять имена каталогов. Назовите одни и те же вещи во всех отраслях, и проблема исчезнет.
Что касается onlytestfile.txt и onlydevfile.txt, вы не можете исключать файлы из слияния. Вы должны объединить все. Поэтому вы должны либо удалить его и зафиксировать перед объединением, либо git merge --no-commit и вручную удалить файл (что кто-то неизбежно забудет сделать), либо придумать лучшую стратегию. Я предлагаю последний.
Полагаю, это информация о конфигурации. Существуют различные более эффективные стратегии хранения конфигурации для нескольких сред, и Я изложу одну из них в этом ответе .