Если вы работаете с пустыми массивами, используйте транслированное сравнение,
>>> n = 5
>>> v = df.values
>>> v
array([[12, 13, 20, 25, 45, 46],
[14, 24, 30, 38, 39, 47],
[ 1, 9, 15, 21, 29, 39],
[ 2, 6, 14, 19, 26, 45],
[ 5, 23, 25, 27, 32, 40],
[ 6, 8, 25, 26, 27, 45]])
>>> (v[None, -(n+1):-1, None] == v[-1, :, None]).sum(-1).sum(-1).squeeze()
array([2, 0, 0, 3, 2])