Я нашел правильные вызовы функций после некоторого поиска!
PhaseOptions.v().setPhaseOption("jop", "enabled:true")
PackManager.v().getPack("jop").apply(jimpleBody)
Запустите это для каждого тела метода класса, который вы хотите оптимизировать (с заменой jimpleBody телом этого метода), и он запустит оптимизатор JOP для кода Jimple.