Вам не нужно делать ничего особенного для библиотек, чтобы сделать их совместимыми с js_of_ocaml: js_of_ocaml работает с конечным исполняемым байт-кодом независимо от библиотек.
При этом, если вы хотите использовать js-специфичные вещи, js_of_ocaml также является библиотекой ocaml, от которой вы можете просто зависеть и которая будет содержать привязки к различным функциям javascript.
(library
(name my_library)
(public_name my_library)
(libraries (js_of_ocaml))
)
Для создания js-файлов вы должны использовать исполняемый раздел (согласно документации по дюне).