Причина, по которой вы получаете такое поведение, состоит в том, что в вашем массиве из 1 000 000 элементов элемент большинства равен нулю: установлены только первые три или четыре элемента, а остальные элементы заняты нулями - значение по умолчанию int
на Java.
Исправьте эту проблему, выделив размер после ввода длины. Вам также необходимо исправить код, который читает ввод, чтобы убедиться, что данные заканчиваются на индексах 0..numberOfLine-1
:
Scanner sc = new Scanner (System.in);
// User input n number of lines
int numberOfLine = sc.nextInt();
int a[] = new int [numberOfLine];
//Loop to have n elements as input
for (int i = 0 ; i < numberOfLine ; i++) {
a[i] = sc.nextInt();
}