В документации здесь и здесь это объяснено в очень ясной форме,
Настраиваемые конечные точки : в этом поле можно ввести список портов, разделенных запятыми, которые вы хотите открыть через Azure Load Balancer для общедоступного Интернета для ваших приложений. Например, если вы планируете развернуть веб-приложение в своем кластере, введите здесь «80», чтобы разрешить трафик через порт 80 в ваш кластер.
Порты приложений (начало | конец) : порты, используемые приложениями Service Fabric. Диапазон портов приложения должен быть достаточно большим, чтобы удовлетворить требования конечных точек ваших приложений. Этот диапазон должен быть исключительным из динамического диапазона портов на машине, то есть диапазона EphemeralPorts, установленного в конфигурации. Service Fabric использует эти порты всякий раз, когда требуются новые порты, и заботится об открытии брандмауэра для этих портов.
В итоге:
Настраиваемые конечные точки - это порты, открытые в балансировщике нагрузки для обеспечения внешнего доступа.
Порты приложения - это диапазон зарезервированных портов, которые должны быть открыты в узлах и назначены службам при использовании динамически распределенных портов, но не доступны извне.