В настоящее время Unity не имеет возможности выпекать, но NavMesh во время выполнения, НО существует экспериментальный пакет, который есть в Unity, который позволяет выпекать NavMesh во время выполнения. Это очень стабильная упаковка.
Были учебные пособия, сделанные Brackeys в сотрудничестве с Unity.
Демонстрационный проект доступен для загрузки на GitHub. Вы можете использовать в сценариях там выпекать во время выполнения NavMesh.
Я очень рекомендую сначала посмотреть урок.
Здесь также есть ссылка на сайт Unity и учебные пособия по навигации во время выполнения.