Зачем создавать группы папок с индексными файлами в них? Кажется, что это станет настоящим кошмаром для управления в долгосрочной перспективе. Почему вы хотите избежать перезаписи URL? Mod_rewrite выглядит как чистая, централизованная и в конечном итоге гибкая система, которой будет легче управлять в долгосрочной перспективе.
Не критикуя, просто любопытно понять мотивацию вашего проекта.
Что касается перенаправления, я думаю, вы хотите сделать
301 перемещено навсегда
Таким образом, редирект правильно понимается поисковыми системами. И вы не потеряете ошибочные URL-адреса на SEO-земле, если ваша система постоянных ссылок выйдет из строя.
Вы также можете добавить схему сокращения URL в вашей системе.
http://www.shauninman.com/archive/2009/08/17/less_n
И если у вас есть система с несколькими ссылками на разные URL-адреса, но с одним и тем же контентом, не забудьте о канонических ссылках.
http://www.mattcutts.com/blog/canonical-link-tag/