Я закончил тем, что отменил вычисления и воспользовался советом Стива Саммита, который должен был перехватывать SIGINT и SIGTERM, а также периодически вызывать fflush (). Я действительно смог восстановить некоторые данные, но, по крайней мере, теперь я могу восстановить все данные, которые были обработаны.