ggpubR "Может обрабатывать данные только с группами, расположенными на оси X" - PullRequest
Новая
       12

ggpubR "Может обрабатывать данные только с группами, расположенными на оси X"

0 голосов
/ 15 января 2019

При выполнении следующего с ggpubr я получаю ошибку

"Ошибка в f (...): может обрабатывать данные только с группами, расположенными на оси x" 

my_comparisons <- list( c('A_1538_C', '1594delete12') )
ggplot(dt) +
geom_jitter(width = 0.1, height = 0, aes(
    x=reorder(allele,mu_normal),
    y=mu_normal)) + 
  theme_bw() +
  theme(axis.text.x = element_text(angle =60, vjust = 1, hjust=1)) +
  stat_compare_means(comparisons = my_comparisons, method = "t.test")

stat_compare_means функционирует на другом моем участке, и это не та проблема, с которой сталкиваются другие, когда x - это взаимодействие терминов. (подробности по этому вопросу здесь: https://github.com/const-ae/ggsignif/issues/16)

значение 

unique(dt$allele)

это 

[1] A_1714_C     C_1721_A     G_1546_T     A_443_T      C_1535_T     A_1538_C    
[7] 1594delete12 rpoB_1547A.G rpoB_1534T.C WT           rpsL_128A.G  rpsL_263A.G 
[13] gyrA_248C_T 
15 Levels: 1594delete12 A_1538_C A_1714_C A_443_T blank C_1535_T ... rpsL_263A.G

кажется, что my_comparisons это набор существующих терминов? (Я бы хотел расширить сравнение, когда оно работает)

...