Использование jquery
var yourinputid = $('#YOURINPUTID') //save some resources by not duplicating the selector
yourinputid.val('yourcolor'); //set the value
yourinputid.css('background-color', '#yourcolor'); //set the background color
без jquery
var yourinputid = document.getElementById('YOURINPUTID'); //save resources..
yourinputid.value = 'yourcolor'; //set the value
yourinputid.style.backgroundColor = '#yourcolor'; //set the background color
Обратите внимание, что вы не должны использовать # в начале значения цвета при установке его на объект.