проще всего использовать обычный Simulink API через движок MATLAB ( C ++ или COM )
Это требует наличия установки MATLAB, но гарантирует, что файл Simulink обрабатывается с осторожностью.
Если вы действительно любите взламывать, de .slx - это просто набор xml-файлов, поэтому изменение xml напрямую также возможно, но, как уже упоминалось, больше хака - и формат не задокументирован - насколько это возможно. Я в курсе.