Это очень обычно.
MSXML загружает файл, использует кодировку, чтобы понять, как он кодируется, затем преобразует все закодированные данные в UTF-16 и удаляет кодировку, поскольку он больше не отражает способ кодирования файла.
Если вам нужен доступ к кодировке, вы можете прочитать файл, просто прочитав текст (например, с помощью объекта потока ADODB, который позволяет вам задавать кодировку и легко выводить строки UTF-16).
Если вы хотите экспортировать в определенную кодировку после обработки, см. Ответ bobince на комментарий Тима Уильямса.