Я использовал gulp-template , чтобы сделать именно это. Ваш index.html должен быть скорректирован. e.g.:
<% scripts.forEach( function ( file ) { %>
<script type="text/javascript" src="<%= file %>" inline></script>
<% }); %>
В этом примере ваша задача gulpfile будет выглядеть примерно так:
gulp.task('index', () =>
gulp.src('src/index.html')
.pipe(template({scripts: ['script.js', 'another-one.js']}))
.pipe(gulp.dest('dist'))
);
Еще один способ добиться этого - использовать gulp-inject . Хотя я предпочитаю gulp-template.