Вот как кодировались java
программы для работы.
Важно то, что вы все еще можете использовать JAR и для указания пути к классам в командной строке. Для этого необходимо сделать сам jar частью пути к классу, а затем указать класс, например:
java -cp javafile.jar fully.qualified.ClassName
Java будет запускать основной класс fully.qualified.ClassName
, который он найдет в пути к классам (в который включен файл jar).