Я использую следующую команду для копирования файлов в папки с одинаковым именем.
for /f %x in ('dir /ad /b') do move %x*.* %x\
Я использую move %x*.* %x\
для перемещения файлов в данный каталог. Он не работает для файлов, в именах которых есть пробелы, но не уверен, что изменить.