Это то, что вы хотите? Я новичок NumPy.
In [1]: import numpy as np
In [2]: a = np.array([1,2,0,3,0,4])
In [3]: b = np.array([1,2,3,4,5,6])
In [4]: b[np.where(a)]
Out[4]: array([1, 2, 4, 6])
In [5]: np.where(a)
Out[5]: (array([0, 1, 3, 5]),)
In [6]: a[np.where(a)]
Out[6]: array([1, 2, 3, 4])